Sebagai keturunan shinobi, Jirou Azuma telah belajar teknik ninja yang selama hidupnya. Tapi di samping itu, ia juga memiliki kemampuan untuk berbicara dengan binatang. Suatu hari ketika ia menyelamatkan seekor kucing hitam yang aneh bernama ragou, ia belajar bahwa dunia ini penuh dengan roh-roh yang disebut Mononoke yang dapat mengambil bentuk manusia dan binatang. Namun, pertemuan mereka dipotong pendek ketika mereka diserang oleh Mononoke yg bermusuhan dengan ragou.